Дыхательный аппарат рыб - жабры. Поверхность жабр у активных рыб больше за счет более длинных жаберных лепестков и большего числа вторичных складок.
Как добавочный дыхательный орган у разных видов функционируют:
кожа (от 25 до 80%) — хоботнорылы, угорь, морские собачки, белокровные щуки, бычки, прыгуны.
кишечник - панцирные, бокочешуйниковые сомы, вьюновые, слитножаберники;
слепой вырост желудка — лорикарии, отоцинклы;
жаберный лабиринт — анабасовые;
улитка на четвертой жаберной дуге — ханос, нильский гетеротис;
разращения жаберной полости — ксенохаракс, цитаринус, губан, амфипноус и морские ласточки;
видоизмененный плавательный пузырь — двоякодышащие, многоперы, амия, панцирные щуки, эритринус, гимнарх, арапаима, умбра;
парный вырост в глотке — змееголовы;
непарный наджаберный орган — клариас, кнерии;
пластинчатый наджаберный орган — щукоглав;
мешковидное образование от плавательного пузыря до хвостовой части — мешкожаберный сом.
Каждые 3 мин за новой порцией кислорода поднимается к поверхности воды макропод, через 8 мин — змееголов, через 17 мин — анабас и т. д. Без доступа к атмосферному воздуху все они быстро гибнут (петушок — примерно через 8 ч), тогда как во влажной среде смерть наступает лишь через сутки. Впрочем у ротана и черной даллии кислородного голодания не наблюдается даже при концентрации кислорода 0,1 мг/л. В неблагоприятный период в анабиоз погружаются линь, карась, вьюн, протоптеры (способны находиться в спячке 3,5 года). Количество дыхательных движений зависит от температуры, солености воды и газового режима (при перекормах кислородный оптимум резко возрастает). Жабры выполняют также экскреторную роль, выводя из организма хлористый натрий, калий, аммиак (90%), мочевину (70%) и т. д.